Histon ELISA ve nicel PCR testlerinin birleştirilerek histon metilasyonu ile ilişkili dolaşımdaki DNA'nın izolasyonu ve ölçülmesiEmre Özgür1, Ebru Esin Yoruker1, Metin Keskin2, Ugur Gezer11İstanbul Üniversitesi, Onkoloji Ensitüsü, Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı, İstanbul
2İstanbul Üniversitesi, İstanbul Tıp Fakültesi, Genel Cerrahi Ana Bilim Dalı, İstanbul
GİRİŞ ve AMAÇ: Kanserli hastaların vücut sıvılarında post-translasyonel histon modifikasyonlarının (PTHM) likit biyopsi bazlı ölçümü, biyobelirteç araştırmalarının yeni bir alanını temsil etmektedir. Bu çalışmada, perisentrik histone 4 lizin 20 trimetilasyonu (H4K20me3) ile ilgili dolaşımdaki DNA'yı çıkarmak ve ölçmek için enzime bağlı immünosorbent testini (ELISA) ve nicel polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) birleştiren bir yaklaşımın uygulanabilirliğini test ettik.
YÖNTEM ve GEREÇLER: ELISA kuyularına plazma eklendikten ve H4K20me3 ile ilgili nükleozomların antikora bağlanmasına izin verildikten sonra, NaHC03, SDS ve proteinaz K içeren bir tampon kullanılarak nükleozomal DNA bağışıklık komplekslerinden ayrıldı ve saflaştırıldı. Kolon kanseri ve kolon polipleri olan hastalardan H4K20me3 ile ilgili DNA'yı ölçmek için kromozom 16 ve1 'in perisentrik bölgelerinden tek kopya ve çoklu kopya dizisi çoğaltıldı.
BULGULAR: H4K20me3 ile ilişkili nükleozomal DNA'nın göreceli plazma seviyesi, kolon kanserli hastalarda kontrollere göre daha düşük ve chr16'ya özgü hedefte istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptandı (göreceli değerler sırasıyla 0.037'ye karşı 0.073 idi; p=0.008). H4K20me3 ile ilişkili nükleozomal DNA'nın kolon kanserinde düşük seviyelerde bulunması, diğer teknikler kullanılarak elde ettiğimiz önceki bulgularımızı doğrulamaktadır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Sonuç olarak, bulgularımız ELISA bağışıklık komplekslerinden proteine bağlı DNA'nın doğrudan çıkarılmasının uygulanabilirliğini göstermektedir ve PTHM'lerin veya diğer protein-DNA etkileşimlerinin değerlendirilmesinde farklı bir yöntem sağlayabilir.
Anahtar Kelimeler: kolon kanseri, histon metilasyonu. dolaşımdaki nükleozomal DNA, ELISA
Combining histone ELISA and quantitative PCR assays to extract and quantify histone methylation-related circulating DNAEmre Özgür1, Ebru Esin Yoruker1, Metin Keskin2, Ugur Gezer11Department Of Basic Oncology, Institute Of Oncology, Istanbul University, Istanbul, Turkey
2Department Of Surgery, Istanbul Medical Faculty, Istanbul University, Istanbul, Turkey
INTRODUCTION: Liquid biopsy-based measurement of post-translational histone modifications (PTHMs) in bodily fluids of patients with cancer represents a novel area of biomarker research. Here we tested the applicability of an approach combining enzyme-linked immunosorbent assays (ELISA)-like measurement of histone methylation and quantitative polymerase chain reaction (PCR) to extract and quantify pericentric histone 4 lysine 20 trimethylation (H4K20me3)-related circulating DNA.
METHODS: After adding plasma into ELISA wells and letting H4K20me3-related nucleosomes bind to the antibody, nucleosomal DNA was detached from immune complexes using a buffer including NaHCO3, SDS, and proteinase K and purified. A single copy- and a multiple copy-sequence from pericentric regions of chromosomes 16 and 1 were amplified to quantify H4K20me3-related DNA from patients with colon cancer or colonic polyps.
RESULTS: Relative plasma level of H4K20me3-related nucleosomal DNA was lower in the patients with colon cancer than in controls for both target sequences with a statistically significant difference at the chr16-specific target (relative values were 0.037 vs. 0.073, respectively; p=0.008). That H4K20me3-related nucleosomal DNA is present in decreased levels in colon cancer confirms our previous findings attained using other techniques.
DISCUSSION AND CONCLUSION: In conclusion, our findings indicate the applicability of direct extraction of protein-bound DNA from ELISA immune complexes and it could provide a surrogate means in the assessment of PTHMs or other protein-DNA interactions.
Keywords: colon cancer, histone methylation, circulating nucleosomal DNA, ELISA
Emre Özgür, Ebru Esin Yoruker, Metin Keskin, Ugur Gezer. Combining histone ELISA and quantitative PCR assays to extract and quantify histone methylation-related circulating DNA. IUYD. 2022; 10(1): 0-0
Sorumlu Yazar: Ugur Gezer, Türkiye |
|
Yazdır
Alıntıyı İndir
RIS
E-Postala
Paylaş
Yazara e-posta gönder
PubMed