Vankomisin Dirençli Enterokok taramasında kültür sonuçlarının BD Gene OhmVanR test sonuçları ile karşılaştırılmasıReyhan YişBozyaka Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji, İzmir
GİRİŞ ve AMAÇ: Kültür bazlı VRE identifikasyon yöntemleri genellikle 24-72 saat gerektirmektedir. VRE kolonizasyonu saptanan hastaların hızla izole edilmesi, diğer hastaların kolonize olmalarını engellemek ve olası enfeksiyonların oluşumunu önlemesi açısından değerlidir. Bu çalışmanın amacı VRE’yi daha kısa sürede saptayan BD GeneOhm VanR testinin sonuçlarının altın standart yöntem olan VRE kültürü ile karşılaştırılmasıdır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmamızda yer alan toplam 704 perirektal sürüntü örneğinin VRE agara ekimi yapılmıştır. Eş zamanlı olarak tüm perirektal sürüntü örnekleri Real- time PCR yöntemi ile çalışılmıştır.
BULGULAR: Değerlendirilen örneklerden 121’i (% 17,2) VRE agar ile, 162’si (%23,0) Real- time PCR yöntemi ile pozitif bulunmuştur. Yöntemlerinin her ikisi ile pozitif çıkan örnek sayısı 118’dir. 44 örnek sadece Real- time PCR ile 3 örnek ise sadece kültür yöntemiyle pozitif bulunmuştur. Her iki yöntemle negatif bulunan örnek sayısı 539 (%76,6)’dur. VRE pozitif saptanan örneklerden 3 tanesi haricinde tümü,VanA fenotipi taşıyan E. faecium olarak, sözü edilen 3 örnek, hem kültür hem de Real- Time PCR yöntemi ile VanB fenotipi taşıyan E. faecalis olarak tanımlanmıştır. Bu sonuçlara göre BD Gene Ohm VanR testinin VRE kültürü ile karşılaştırılarak belirlenen duyarlılık, özgüllük, pozitif ve negatif prediktif değerleri sırasıyla %98, %92, %73 ve %99 olarak saptanmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: VRE tespiti için kullanılan kültür bazlı yöntemler ve nükleik asit amplifikasyon testleri genellikle 24-72 saat gerektirmektedir. BD GeneOhm VanR testi doğrudan örnekten çalışılan basit bir yöntem olup, sonuç alma aşamasına kadar geçen toplam süre 3,5 saatten daha kısadır. Bunun yanında farklı laboratuvarlarda ve hasta popülasyonlarında tekrarlanabilir sonuçlar veren, yüksek PPD ve NPD olan bir testtirç VRE direnç genini de belirliyor olması da diğer bir avantajıdır.
Anahtar Kelimeler: Vankomisine dirençli enterokok, kolonizasyon, Real-Time PCR, sürveyans
Comparison of the BD Gene OhmVanR Assay to culture for screening of Vancomycin-Resistant EnterococciReyhan YişBozyaka Training and Research Hospital, Microbiology and Clinical Microbiology, Izmir
INTRODUCTION: Culture based VRE identification methods generally needs 24-72 hours. Rapid isolation of VRE colonized patients is crucial to prevent colonization of other patients and propable infections. The aim of this study is to compare BDGene OhmVanR test which identifies VRE in a short time with gold standart VREcultures.
METHODS: A total of 704 samples in the study were cultivated into VREagar. At the same time, all perirectal swap samples were evaluated with Real-timePCR.
RESULTS: Among the evaluated samples, 121 (17,2%) were positive with VRE agar and 162 (23,0%) were positive with Real-time PCR. The number of samples which were positive with both diagnostic methods were 118. 44 samples were only positive with Real-time PCR and 3 samples were only positive with culture methods. The number of samples both negative with two methods were 539 (76,6%). All VRE positive samples except 3 were VanA phenotype carrying E. faecium, and previously mentioned 3 samples were identified as VanA phenotype carrying E. faecium with both culture and Real-time PCR. According to these results, sensitivity, specicifity, PPV and NPV of BD Gene Ohm VanR test compared to VREculture were 98%, 92%, 73% and 99%, respectively.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Culture based methods and nucleic acid amplification tests need 24-72 hours for VRE identification. BDGene OhmVanRtest is a simple diagnostic method directly studied from the sample takes less then 3.5 hours to obtain results. On the other hand, it gives repeatable results in different laboratories and patient samples with high PPVand NPV. Its other advantage is the identification VRE resistance gene.
Keywords: Vancomycin-resistant enterococcus, colonization, Real- Time PCR, surveillance
Reyhan Yiş. Comparison of the BD Gene OhmVanR Assay to culture for screening of Vancomycin-Resistant Enterococci. Turk Mikrobiyol Cem Derg. 2018; 48(1): 45-51
Sorumlu Yazar: Reyhan Yiş, Türkiye |
|
Tam Metin PDF
Yazdır
Alıntıyı İndir
RIS
E-Postala
Paylaş
Yazara e-posta gönder
PubMed