Klinik örneklerden izole edilen Acinetobacter baumanni'nin fenotipik ve genotipik özelliklerinin araştırılmasıNezahat Koşar1, Djursun Karasartova2, Ayşe Semra Güreser3, Aysegul Taylan Ozkan41Mikrobiyoloji Laboratuvarı, Erbaa Devlet Hastanesi, Tokat, Türkiye
2Hitit Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Çorum, Türkiye
3Türkiye Sağlık Bilimleri Üniversitesi, Dr. Abdurrahman Yurtaslan Ankara Onkoloji Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Kliniği, Ankara, Türkiye
4Uluslararası Kıbrıs Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Lefkoşa, KKTC
GİRİŞ ve AMAÇ: Acinetobacter baumannii dünya çapında yaygın bir nozokomial patojendir. Çalışmamızda ………. Hastanesine başvuran hastaların klinik örneklerden izole edilmiş olan A. baumannii izolatlarının antibiyotik direnç oranı, blaOXA ve ISaba1 genleri, metallo-betalaktamaz üretimi, biyofilm oluşumu ve klonal sınıflandırması amaçlanmıştır. Ayrıca plazmid profilini tanımlamak ve genler, klonlar ve plazmidler arasındaki ilişkiyi analiz etmek de amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: 2018 ve 2019 yılları arasında izole edilen 98 A. baumannii çalışmaya dahil edilmiştir. Antibiyotik duyarlılık testleri Vitek 2 otomatize sistemi ile saptanırken kolistin duyarlılığı için referans yöntem olan sıvı mikrodilüsyon yöntemi kullanılmıştır. Sıvı mikrodilüsyon ile Vitek 2'den elde edilen sonuçlar karşılaştırılmıştır. BlaOXA-23, blaOXA-24/40, blaOXA-51 ve blaOXA-58 genleri multipleks polimeraz zincir reaksiyonu ile tespit edilirken ISAba1/blaOXA-23 ve ISAba1/blaOXA-51 genleri PCR ile saptanmıştır. İzolatların genotipleri ve alt tipleri Repetitive Extragenic Palindromic PCR yöntemi ile belirlenmiştir. Uluslararası klonlar multipleks polimeraz zincir reaksiyonu ile araştırılmıştır. İzolatların plazmid profilleri ise alkali lizis yöntemi ile saptanmıştır. Biyofilm oluşumu ve metallo-beta-laktamaz üretiminin belirlenmesinde ise fenotipik yöntemler kullanılmıştır.
BULGULAR: AA. baumannii derin trakeal aspirat (%32), yara (%21), kan (%17), balgam (%15), idrar (%9), doku biyopsisi (%4), plevra sıvısı (%1) ve beyin omurilik sıvısı (%1) örneklerinden ve en sık yoğun bakımdan alınan hasta örneklerinden (%58) üremiştir. İzolatların %13'ü test edilen tüm antibiyotiklere duyarlı iken %45'inde yaygın antibiyotik direnci saptanmıştır. Karbapenem dirençli izolatların %98,8'inde ISAba1/ blaOXA-23, ISAba1/ blaOXA-51, blaOXA-23, blaOXA-51 genleri tespit edilmiştir. BlaOXA-24/40 ve blaOXA-58 genleri saptanmamıştır. Epidemiyolojik sınıflandırmada yedi genotip ve 21 alt tip saptanmıştır. Hastane endemik izolatı olarak Genotip D ve uluslararası klon 2 tanımlanmıştır. İzolatların %73,4'ünün plazmid taşıdığı ve bu plazmidlerin izolatlar arasında farklılık gösterdiği belirlenmiştir İzolatların %88'inde farklı biyofilm seviyeleri ölçülürken seftazidim, imipenem, meropenem, trimetoprim-sülfametoksazol ve siprofloksasine duyarlı izolatlarda daha güçlü biyofilm oluşumu tespit edilmiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: A. baumannii izolatlarında blaOXA-23 genotipi karbapenem direnci ile ilişkilidir. Genotip D ve uluslararası klon 2 hastanemizin endemik izolatı olarak tanımlanmış olup izolatların plazmid profilleri, genotipler ve klonalite açısından duyarlı ve dirençli izolatlar arasında benzerlik saptanmamıştır. Seftazidim, imipenem, meropenem, trimetoprim-sülfametoksazol ve siprofloksasine duyarlı izolatlarda daha güçlü biyofilm oluşumu tespit edilmiştir ve biyofilm oluşumu ile antibiyotik direnci arasındaki ilişki konusunda daha geniş kapsamlı çalışmaların yapılmasına ihtiyaç olduğu kanaatine varılmıştır.
Anahtar Kelimeler: Acinetobacter baumannii, antibiyotik direnci, tekrarlayan element polimeraz zincir reaksiyonu, plasmid
Investigation of phenotypic and genotypic characteristics of Acinetobacter baumanni isolated from clinical samplesNezahat Koşar1, Djursun Karasartova2, Ayşe Semra Güreser3, Aysegul Taylan Ozkan41Microbiology Laboratory, Erbaa State Hospital, Tokat, Türkiye
2Department Of Medical Microbiology, Faculty Of Medicine, Hitit University, Çorum, Türkiye
3Clinic Of Medical Microbiology, University Of Health Sciences Turkey, Dr. Abdurrahman Yurtaslan Ankara Oncology Training And Research Hospital, Ankara, Türkiye
4Faculty Of Medicine, International Cyprus University, Nicosia, North Cyprus
INTRODUCTION: Acinetobacter baumannii strains are common nosocomial pathogens worldwide. Our study aimed to determine the antibiotic resistance rate, blaOXA and ISAba1 genes, metallo-beta-lactamases production, biofilm formation and clonal classification of A. baumannii isolated from clinical samples in ………., Türkiye. It was also aimed to describe the plasmid profile and analyze the association between genes, clones, and plasmids.
METHODS: Ninety-eight A. baumannii isolates were collected in 2018 and 2019, and antibiotic susceptibility tests were determined with Vitek 2. The reference broth microdilution method was used for determining colistin susceptibility, and these results were compared with those obtained from the Vitek 2. Multiplex polymerase chain reaction was used to detect blaOXA-23, blaOXA-24/40, blaOXA-51 and blaOXA-58 genes. The ISAba1/ blaOXA-23 and ISAba1/ blaOXA-51 genes were analyzed separately via PCR, and genotypes and subtypes of the isolates were determined with the Repetitive Extragenic Palindromic PCR method. International clones were investigated by multiplex polymerase chain reaction. The plasmid profiles of the isolates were analysed with alkaline lysis. Phenotypic methods were preferred for determining biofilm formation and metallo-beta-lactamase production.
RESULTS: A. baumannii was identified in deep tracheal aspirate samples (32%), wounds (21%), blood (17%), sputum (15%), urine (9%), tissue biopsy samples (4%), pleural fluid (1%), and cerebrospinal fluid (1%). A. baumannii was detected in patient samples from the intensive care unit at a frequency of 58%. Of these isolates, 13% were found to be susceptible to all antibiotics tested, while 45% were found to be extensively drug-resistant. The ISAba1/blaOXA-23, ISab1/blaOXA-51, blaOXA-23, and blaOXA-51 genes were found in 98.8% of the carbapenem-resistant isolates. BlaOXA-24/40 and blaOXA-58 genes were not detected. The epidemiological distribution of the isolates revealed seven genotypes and 21 subtypes. Genotype D was found, and international clone 2 was classified in the hospital epidemic isolates. It was shown that 73.4% of isolates carried plasmids, and these plasmids were not identical among isolates. Different biofilm levels were measured in 88% of the isolates. However, stronger biofilm formation was detected in isolates sensitive to ceftazidime, imipenem, meropenem, trimethoprim-sulfamethoxazole, and ciprofloxacin.
DISCUSSION AND CONCLUSION: BlaOXA-23 genotype was associated with carbapenem resistance. Genotype D and international clone 2 were defined as endemic isolates in our hospital, and no similarity was found between susceptible and resistant isolates in terms of plasmid profiles, genotypes and clonality. Stronger biofilm formation was detected in isolates susceptible to ceftazidime, imipenem, meropenem, trimethoprim-sulfamethoxazole and ciprofloxacin, and more comprehensive studies are needed on the relationship between biofilm formation and antibiotic resistance.
Keywords: Acinetobacter baumannii, antibiotic resistance, repetitive-element polymerase chain reaction, plasmid
Sorumlu Yazar: Nezahat Koşar, Türkiye
|
|
Yazdır
Alıntıyı İndir
RIS
E-Postala
Paylaş
Yazara e-posta gönder
PubMed